Posteriormente, nesse mesmo ano, a função de Auditor Interno passou a ser exercida pelo servidor Marco Antonio Maciel Vaz, que nela permaneceu até 2011. Desde o início da existência da Auditoria Interna, percebeu-se a necessidade de haver uma equipe multidisciplinar de profissionais para desempenhar esse encargo.

Em 2011, foi designado, para a função de Auditor Interno o servidor Henrique Ziglia Maia. A partir desse ano, com a sedimentação dos Institutos Federais e suas estruturas multicampi e com o aumento expressivo do orçamento, que passou a ser gerido de forma descentralizada, reforçou-se a necessidade de haver não mais apenas um servidor com a função de Auditor Interno, mas sim, da criação de uma Unidade de Auditoria Interna no IFSul.

Desta forma, através da Resolução n. 85/2012, do Conselho Superior, alterou-se o Estatuto para criar a Unidade de Auditoria Interna e constituir um órgão de controle centralizado dentro da instituição. Isto representa um trabalho essencialmente sistêmico, uma vez que há um único setor encarregado da auditoria de todo o Instituto, o qual deverá se debruçar sobre o exame da regularidade dos procedimentos de todos os câmpus e da Reitoria.

Promovendo a adequação ao Decreto n. 3.591/2000, a Unidade de Auditoria Interna, até então vinculada hierarquicamente ao Magnífico Reitor, passou a ter subordinação ao Conselho Superior, nos termos da Resolução n. 59/2013.

No ano de 2013, através de concurso público para o cargo de Auditor, a Unidade de Auditoria Interna obteve o ingresso de três auditores, ocorrendo isto, respectivamente, nos meses de outubro, novembro e dezembro. Em setembro de 2014 foi nomeada mais uma auditora. Assim, a atual equipe da Unidade de Auditoria Interna compõe-se da seguinte forma: